Недавно начал сбоить rsync со странными сообщениями «WTF! protocol version mismatch — is your shell clean?».

Проблема решилась абсолютно очевидным образом — я убрал дополнительный вывод из bashrc: http://derpturkey.com/wtf-protocol-version-mismatch-is-your-shell-clean/